Πώς το DNA δεν κάνει ποτέ λάθος;

[razorbladeDream]

εγω ευτυχως δεν το ανοιξα και πολυ... σχεδον καθολου δηλαδη. Το βρισκω πολυ κακογραμμενο. Ειναι αρκετα πυκνογραμμενο και σου χαλαει την διαθεση οταν το ανοιγεις να το διαβασεις. Ευτυχως ο καθηγητης μου μας ειχε δωσει φοβερες σημειωσεις αλλιως δεν θα την παλευα με τιποτα.

Ναι γτ το χω ανοιξει εγω που το χω υποτιθεται κανει; αλλα πραγματικα αν δεις αλλα βιβλια περιεχομενου κυτταρικης κλπ θα το εκτιμησεις πολυ αυτο το βιβλιο...πιστεψε με...(αιωνιο ελληνικο πανεπιστημιο με τα συγγραμματα σου ! )

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[avenger92]

Φυσικα και δεν στελνουν οι βασεις το μηνυμα αλλα νομιζω η theodora ηθελε να πει πως η αλληλουχια των βασεω του mRNA καθοριζει και την αλληλουχια των αμινοξεων στις πρωτεινες με βαση των γενετικο κωδικα.Το οποιο και ισχυει.Τωρα αν καποιο νουκλεοτιδιο ειναι λαθος τοτε ή μπορει να δωσει ενα συνωνυμο κωδικονιο και τοτε ολα οκ,ομως μπορει να δωσει ληξη τωρα αν αυτη η ληξη ειναι σε σημειο που δεν μας ενδιαφερει(εσωνιο) τοτε οκ(εν μερη).Αν ομως ειναι σε περιοχη που δινει πρωτεινη τοτε προφωνος δεν θα εχουμε την επιθυμητη πρωτεινη αλλα καποια αλλη.Απλα δεν θεωρω τοσο σωστο το"αν ειναι σωστη η αλληλουχια βασεων θα μας δωσει το ζητουμενο πεπτιδιο" και αυτο γτ δεν ειναι τοσο θεμα αυτων καθαυτων αζωτουχων βασεων αλλα των συνδιασμων τους,δλδ το κωδικονιο και αυτο λογω εκφυλισμου του γενετικου κωδικα.Πχ μπορει η σωστη αλληλουχια να ειναι GUU ομως να γινει λαθος και αντι αυτου να χουμε GUC η αλληλουχια ναι μεν δεν ειναι οπως θα επρεπε ή οπως επεβαλε το DNA να ειναι, ομως αν κωδικοποιει το ιδιο αμνινοξυ τοτε ειναι οκ(ακομα κι αυτο εξαρταται για ποια περιοχη μιλαμε).

H theodora το εξεφρασε εντελως λαθος.Δεν ξερω τι εννοουσε παντως δεν το ειπε οπως το ειπες εσυ,ετσι ειναι το σωστο.
Οσον αφορα το "αν ειναι σωστη η αλληλουχια βασεων θα μας δωσει το ζητουμενο πεπτιδιο" πιστευω σαν εκφραση ισχυει.Γνωριζω τις περιπτωσεις που ανεφερες αλλα δεν υπηρχε λογος να τις αναφερω γιατι ετσι θα ξεφευγα,νομιζω.

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[razorbladeDream]

H theodora το εξεφρασε εντελως λαθος.Δεν ξερω τι εννοουσε παντως δεν το ειπε οπως το ειπες εσυ,ετσι ειναι το σωστο.
Οσον αφορα το "αν ειναι σωστη η αλληλουχια βασεων θα μας δωσει το ζητουμενο πεπτιδιο" πιστευω σαν εκφραση ισχυει.Γνωριζω τις περιπτωσεις που ανεφερες αλλα δεν υπηρχε λογος να τις αναφερω γιατι ετσι θα ξεφευγα,νομιζω.

ναι, μα κι εγω ξεφυγα που τις ειπα.Της χρησιμοποιησα για να το κανω οσο πιο κατανοητο μπορουσα δεν το λεω για σενα αλλα και για μενα.Ναι ισχυει αυτο που λες αλλα ετσι οπως το πες ηταν σαν να ισχυει παντα το οποιο και δεν συμβαινει,εξηγησα γτ και στο προηγουμενο ποστ.

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[avenger92]

ναι, μα κι εγω ξεφυγα που τις ειπα.Της χρησιμοποιησα για να το κανω οσο πιο κατανοητο μπορουσα δεν το λεω για σενα αλλα και για μενα.Ναι ισχυει αυτο που λες αλλα ετσι οπως το πες ηταν σαν να ισχυει παντα το οποιο και δεν συμβαινει,εξηγησα γτ και στο προηγουμενο ποστ.

Καταλαβαινω.Απλα δεν το ανελυσα,ισως θα πρεπε.

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[fockos]

Οι περιπτωσεις που ανεφερες ειναι οταν η πολυμεραση προσθετει βασεις για να φτιαξει την αντιπαραλληλη ελικα κατα την διαρκεια της αντιγραφης. Τι γινεται ομως οταν υπαρχει προσθεση/αφαιρεση βασης στην μια ελικα; Πως ξερει η πολυμεραση οτι υπαρχει λαθος στην copying ελικα; Η απαντηση ειναι στο methylation. Επειδη το ξαναδινεις το μαθημα δεν αναφερω περισσοτερα για να σου κινησω την περιεργεια και να το ψαξεις για να γραψεις καλυτερα



χμμ νομιζω πως μπερδεψες την polymerase/ligase με τα ριβοσωματα. Roughly, τo P site ειναι εκει που "κολλαει" το νεο αμινοξυ με τα υπολοιπα και το E site ειναι εκει οπου φευγει το tRNA.

Από ότι θυμάμαι η δομικά η DNA πολυμεράση έχει δύο ενεργά κέντρα το ένα φτιάχνει τον 3,5 φωσφοδιεστερικό δεσμό (P) και το άλλο είναι μια νουκλεάση (E). Το είχα διαβάσει ή στην βιολογία του Μαργαρίτη είτε στην παλιά έκδοση του alberts.
Θα ψάξω λίγο και θα επανέλθω με πηγή (αν βρω) ή επιβεβαίωση του λάθους μου

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[Chemwizard]

χμμ νομιζω πως μπερδεψες την polymerase/ligase με τα ριβοσωματα. Roughly, τo P site ειναι εκει που "κολλαει" το νεο αμινοξυ με τα υπολοιπα και το E site ειναι εκει οπου φευγει το tRNA.

Η DNA πολυμεράση κάνει λάθη. Είναι ένα ένζυμο που έχει δύο ενεργά κένρα (νομίζω το ένα λέγεται P και το άλλο Ε). To κέντρο p έχει την ιδιοτητα συνθετάσης (δημιουργεί 3-5 φωσοφοδιεστερικό δεσμό) η Ε έχει την ιδιότητα νουκλεάσης δηλαδή διασπά φωσφοδιεστερικό δεσμούς.

Ο fockos εχει δίκιο.Το τμήμα P της DNA polymerase,είναι υπεύθυνο για την επιμηκυνση,και το τμημα Ε για τον ελεγχο του νεοσυντιθεμενου κλωνου.Μαλιστα,αυτος ειναι και ο λογος που η αντιγραφη του DNA γινεται μονο με κατευθυνση 5'-->3',αν ισχυε και το αντιθετο,η πολυμεραση δε θα ηταν ικανη να διορθωνει τα λαθη της,,γιατι απο χημικης αποψης,θα επρεπε να διασπα δεσμους πολυ υψηλης ενεργειας.

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[fockos]

Πάνω που πήγα να πω πως έχω άδικο . Κοίταξα το αρχείο του gianniskeeper και αυτή η εικόνα που λέει σελίδα 244 έχει μια εικονίτσα της DNA πολυμεράση (με τα ενεργά της κέντρα). Τελικά ήταν P και Ε που το θυμόμουνα .

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[Ceres Victoria]

χμμ, εγω πρωτη φορα τα ακουω... ηξερα για κατι α, ε, θ, τ, γ, δ, δ', χ, ψ, β subunits στην DNA pol III οπου το καθε subunit εχει και διαφορετικη λειτουργια. Για την DNA pol I ηξερα οτι εχει ενα active site (συνθεση) και ενα exonuclease active site (proofreading, nick translation). Tις ονομασιες P, και Ε στην DNA pol I οντως τις ειδα στο βιβλιο του alberts και παιζει να ειναι το μονο βιβλιο που τα εχει ετσι. Την DNA pol III ειδατε πως την εχει στην διπλανη σελιδα; Δεν εχει καθολου λεπτομερειες. Πεταξε ενα σχημα χωρις να εξηγει τι ειναι τι. Παλι καλα που δεν αυτοσχεδιασε και εκει ο τυπος τα ονοματα. Στο βιβλιο βιοχημειας του nelson δεν τα αναφερει ετσι και ειναι πολυ πιο αναλυτικο.

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[Chemwizard]

Κι αυτές οι εικόνες (που δείχνουν την polymerase πράσινη) νομίζω δεν είναι καν δικές του,πρέπει να τις έχει δανειστεί από αλλού

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[razorbladeDream]

Καλα στου Stryer δεν αναφερει καν για P και Ε ακομα και στα ξεκαρφωτα σχηματα δεν δειχνει αυτες τις 2 περιοχες.Γενικα ειναι πολυ συνοπτικη η περιγραφη,λογικο βεβαια γτ σαν βιβλιο εχει αλλο προσανατολισμο.

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.

 

[razorbladeDream]

χμμ, εγω πρωτη φορα τα ακουω... ηξερα για κατι α, ε, θ, τ, γ, δ, δ', χ, ψ, β subunits στην DNA pol III οπου το καθε subunit εχει και διαφορετικη λειτουργια. Για την DNA pol I ηξερα οτι εχει ενα active site (συνθεση) και ενα exonuclease active site (proofreading, nick translation). Tις ονομασιες P, και Ε στην DNA pol I οντως τις ειδα στο βιβλιο του alberts και παιζει να ειναι το μονο βιβλιο που τα εχει ετσι. Την DNA pol III ειδατε πως την εχει στην διπλανη σελιδα; Δεν εχει καθολου λεπτομερειες. Πεταξε ενα σχημα χωρις να εξηγει τι ειναι τι. Παλι καλα που δεν αυτοσχεδιασε και εκει ο τυπος τα ονοματα. Στο βιβλιο βιοχημειας του nelson δεν τα αναφερει ετσι και ειναι πολυ πιο αναλυτικο.

καλα η διπλανη σελιδα ειναι ....... το σχημα υποτιθεται ειναι για να βοηθαει περισσοτερο οχι για να μπερδευει αλλα τεσπα,θα μπορουσε αντι να βαλει τοσες λεπτομεριες πανω στο σχημα να τις εξηγει κατω στο κειμενο..
Επισης στην προσπαθεια μου να διαβασω (μοριακη) ανακαλυψα πως εχει μια σελιδα που αναφερει γενικα τα ειδη επιδιορθωσεις.(το βιβλιο Genes VIII του Lewin).Αρχικα μιλαει για ενζυμα που αποκαθιστουν αμεσα συγκεκριμενα ειδη βλαβης(φωτο-επανενεργοποιηση),επειτα για μηχανισμους επιδιορθωσεις που βασιζονται στην εκτομη βασης,στην εκτομη νουκλεοτιδιων καθως και στην επιδιορθωση αταιριαστων βασεων και οτι ολα αυτα χρησιμευουν με το να απομακρυνουν και να αντικαθιστουν υλικο.Ως τριτη κατηγορια αναφερει συστηματα επιδιορθωσης με ανασυνδιασμο για να ανακτηθει το φυσιολογικο αντιγραφο το οποιο χρησιμοποιειται για την αντικατασταση της αλληλουχιας με την βλαβη.Ως τεταρτη κατηγορια αναφερει το μονοπατι συνδεσης μη ομολογων ακρων που επανασυνδεει κομμενα δικλωνα ακρα.Τελευταιες και καταιδρωμενες αναφερει τις πολυμερασες δεν αναφερει παλι τπτ για E και P.
ΤΟ χαος..

Σημείωση: Το μήνυμα αυτό γράφτηκε 15 χρόνια πριν. Ο συντάκτης του πιθανόν να έχει αλλάξει απόψεις έκτοτε.